หลักสูตรครุศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการสอนอิสลามศึกษา มีความมุ่งมั่นพัฒนาผู้เรียนสู่ความเป็นเลิศทางวิชาการและวิชาชีพครูด้านการสอนอิสลามศึกษา การเป็นนักวิชาการด้านหลักสูตรและการสอน มีความสามารถระดับสูงในการประยุกต์ใช้และเชื่อมโยงหลักการคำสอนทางศาสนาอิสลามกับวิชาชีพครู มีคุณธรรม จริยธรรมทางวิชาการและวิชาชีพครู มีคุณลักษณะตามมาตรฐานวิชาชีพครูและมาตรฐานผลการเรียนรู้ที่กำหนดไว้ในกรอบมาตรฐานคุณวุฒิระดับอุดมศึกษาแห่งชาติ พ.ศ.2552 อย่างมีคุณภาพ ซึ่งประกอบด้วย 6 ด้านได้แก่ ด้านคุณธรรมจริยธรรม ด้านความรู้ ด้านทักษะทางปัญญา ด้านทักษะความสัมพันธ์ระหว่างบุคคลและความรับผิดชอบ ด้านทักษะการวิเคราะห์เชิงตัวเลข การสื่อสารและการใช้เทคโนโลยีสารสนเทศ และด้านทักษะการจัดการเรียนรู้
จากผลการศึกษาความต้องการจำเป็นในการพัฒนาหลักสูตร ปี 2558 ของคณะครุศาสตร์ มหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา โดยการสอบถามและจัดประชุมปฏิบัติการและระดมความคิด กลุ่มเป้าหมายได้แก่ ผู้เรียนด้านอิสลามศึกษาในระดับปริญญาตรี ผู้สอน ผู้บริหารโรงเรียนและเจ้าของโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามในพื้นที่สามจังหวัดชายแดนภาคใต้ พบว่า มีความต้องการให้มีการจัดการเรียนการสอน ด้านการสอนอิสลามศึกษาในระดับปริญญาโท หรือปริญญาเอกที่สามารถขอใบประกอบวิชาชีพครูได้ เนื่องจากกลุ่มเป้าหมายส่วนใหญ่สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรีด้านอิสลามศึกษามาจากต่างประเทศ ยังขาดความรู้ทางด้านการสอน การพัฒนานวัตกรรม การวิจัย การวัดประเมินผลและการพัฒนาสื่อทางด้านอิสลามศึกษา และไม่สามารถขอรับใบประกอบวิชาชีพครูได้ ส่งผลให้ไม่สามารถสอนในโรงเรียนต่างๆ ได้ แม้ว่ามีโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามจะรับเข้าทำงาน แต่จะรับเป็นการภายใน ซึ่งไม่เป็นไปตามกฎหมายที่ว่าด้วยคุณสมบัติของผู้สอนเรื่องการมีใบประกอบวิชาชีพ ทำให้ได้รับค่าตอบแทนจากการทำงานน้อย ไม่พอต่อการครองชีพ
มหาวิทยาลัยราชภัฏยะลาเห็นความสำคัญในเรื่องนี้ และมีความเชื่อว่าการพัฒนาครูและบุคลากรทางการศึกษาหรือผู้สอนด้านอิสลามศึกษาให้มีความรู้ ทักษะและเจตคติที่ดีต่อวิชาชีพครู สามารถวิจัยและพัฒนาหลักสูตร รวมทั้งสามารถบูรณาการศาสตร์อิสลามกับศาสตร์สากลเป็นสิ่งจำเป็น อันถือเป็นกลไกสำคัญที่จะส่งผลต่อการพัฒนาคุณภาพโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลาม และการพัฒนาการเรียนการสอนอิสลามศึกษาในระดับต่างๆ ในสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน ศูนย์การเรียนรู้อิสลามศึกษาประจำมัสยิด (ตาดีกา) ตลอดถึงการศึกษาอิสลามศึกษาในสถาบันศึกษาปอเนาะ ซึ่งเป็นการยกระดับคุณภาพเยาวชนในจังหวัดชายแดนภาคใต้นั่นเอง นอกจากนั้นการดำเนินการดังกล่าวเป็นพันธกิจตามปรัชญาของมหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา ที่ว่าการเป็นสถาบันอุดมศึกษาเพื่อพัฒนาท้องถิ่นจังหวัดชายแดนภาคใต้อีกด้วย
เพื่อพัฒนาผู้เรียนระดับมหาบัณฑิตสาขาวิชาการสอนอิสลามศึกษาให้มีคุณลักษณะ ดังนี้
สามารถใช้อัลกุรอานและอัลสุนนะฮฺเป็นฐานในการให้คำแนะนำแนวทางการดำเนินการหรือแก้ไขปัญหาทางจริยธรรม และปัญหาต่างๆ ในชีวิต การงานและสังคมเพื่อให้เกิดสันติสุขได้อย่างเหมาะสม